El Instituto de Servicios Médicos de Emergencia es un servicio de alta complejidad encargado de atender las urgencias que se presentan en los Centros de Cuidado Clínico y las Líneas de Servicio de la Fundación Santa Fe de Bogotá. Durante el 2022, el Instituto atendió cerca de 84.000 casos, especialmente accidentes cerebrovasculares, infarto agudo de miocardio, quemados, enfermedades quirúrgicas abdominales, situaciones que implican tanto a la madre como al hijo, enfermedades infecciosas y trauma. Además, posee una infraestructura compuesta por tres pisos y 98 camas repartidas en las secciones de adultos, ortopedia y pediatría.